Чтобы запустить .sh скрипт в Убунту, достаточно сделать его исполняемым, как описывалось в этой статье. Но в Убунту 14.04 я заметил, что даже этот вариант не спасал ситуацию. Скрипты открывались в текстовом редакторе.
Чтобы .sh скрипты нормально запускались в Ubuntu 14.04, нужно сделать небольшую настройку в Nautilus. Запустим файловый менеджер и перейдем в Правка — Параметры. Открываем вкладку Поведение. В разделе Исполняемые текстовые файлы можно отметить первый пункт «Запускать исполняемые текстовые файлы при открытии«, либо «Каждый раз спрашивать«.
Я выбрал второй вариант. После этой настройки скрипты стали вновь запускаться без проблем.