Ubuntu хоть и стабильная система, все конечно относительно, но и в ней нужно периодически что-то делать ручками, даже если и делать будет программа, но все равно запустить ее нужно будет ручками в паре с головой. Иногда в системе накапливается лишний мусор, который остается после удаления программ, ненужных зависимостей и т.д. Можно конечно все делать при помощи Терминала, например командами:
sudo apt-get autoclean
рекомендуется делать эту команду периодически, очищая систему от .deb пакетов, которые более не нужны,
sudo apt-get autoremove
данная команда удаляет неудалённые зависимости от уже удалённых пакетов,
sudo apt-get clean
очистка каталога /var/cache/apt/archives/ .